Πρόκειται για τη θεραπεία που αφορά το εσωτερικό του δοντιού και συνίσταται στην αφαίρεση των μαλακών ιστών από τον πολφικό θάλαμο και τους ριζικούς σωλήνες του δοντιού και την αντικατάστασή τους με κατάλληλο εμφρακτικό υλικό. Η ενδοδοντική θεραπεία εκτελείται τόσο στα μονόριζα όσο και στα πολύριζα δόντια.